目前我國(guó)執(zhí)行統(tǒng)一的水質(zhì)檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)，未考慮到不同地區(qū)、不同水體存在差異性。以飲用水為例，對(duì)于污染程度較為嚴(yán)重、水源狀況較為復(fù)雜的地區(qū)，即使對(duì)水質(zhì)進(jìn)行了全分析，仍可能存在某些污染物未被祛除的情況，需要對(duì)一些針對(duì)性更強(qiáng)的細(xì)化指標(biāo)再做測(cè)定；對(duì)于水源質(zhì)量較好的地區(qū)，對(duì)其進(jìn)行大范圍的分析則是監(jiān)測(cè)資源的浪費(fèi)。

（2）缺乏專業(yè)人才
天津水質(zhì)監(jiān)測(cè)技術(shù)的不斷提升，對(duì)操作人員的專業(yè)素質(zhì)要求也隨之提高。尤其是負(fù)責(zé)自來(lái)水水質(zhì)監(jiān)測(cè)的技術(shù)人員，不僅需要熟練操作儀器，同時(shí)還應(yīng)具備預(yù)判能力，根據(jù)水質(zhì)各項(xiàng)指數(shù)的變化提前作出響應(yīng)。由于我國(guó)水質(zhì)監(jiān)測(cè)工作起步較晚，技術(shù)人員的規(guī)模有限，專業(yè)度有所欠缺。
（3）精密設(shè)備過(guò)度依賴進(jìn)口
水質(zhì)監(jiān)測(cè)所用儀器大多屬精密儀器設(shè)備，我國(guó)在這方面較發(fā)達(dá)國(guó)家還有一定差距，雖然檢測(cè)儀器的國(guó)產(chǎn)化已經(jīng)有了很大進(jìn)步，但設(shè)備仍然主要依賴進(jìn)口，造成檢測(cè)成本高昂。
（4）第三方檢測(cè)機(jī)構(gòu)水平參差不齊，難以統(tǒng)一管理
為推進(jìn)國(guó)家地表水環(huán)境質(zhì)量監(jiān)測(cè)事權(quán)上收工作，2017年10月起國(guó)家大范圍啟動(dòng)地表水采測(cè)分離工作，由第三方監(jiān)測(cè)機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)采樣工作，并將水樣加密后送至監(jiān)測(cè)分析機(jī)構(gòu)。此種做法雖然在一定程度上提高了水質(zhì)信息的可靠性，但由于第三方機(jī)構(gòu)的水平各有不同，在實(shí)際操作中的不規(guī)范會(huì)導(dǎo)致水質(zhì)信息的不準(zhǔn)確。另外，由于主管部門目前主要通過(guò)招投標(biāo)的方式選擇第三方檢測(cè)機(jī)構(gòu)，低價(jià)競(jìng)爭(zhēng)的現(xiàn)象也隨之而來(lái)，在一定程度上影響了水質(zhì)檢測(cè)工作的質(zhì)量，對(duì)水質(zhì)數(shù)據(jù)造成負(fù)面影響。
（5）監(jiān)測(cè)成本高昂，難以大范圍推廣
水質(zhì)檢測(cè)所用儀器大多屬精密儀器，造價(jià)高昂且后期維護(hù)成本也是一筆不小的支出，所以只有一些大型的水質(zhì)監(jiān)測(cè)機(jī)構(gòu)才有能力配齊所有儀器。一些中小城市、農(nóng)村地區(qū)的監(jiān)測(cè)能力也因此受限。這在一定程度上導(dǎo)致了全國(guó)范圍內(nèi)水質(zhì)監(jiān)測(cè)機(jī)構(gòu)分布不均、監(jiān)測(cè)水平存在差異。